[민사] 국고보조금·국가연구개발비 환수·제재부가금 및 참여제한 처분 불복 대리 안내
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최고관리자 작성일26-11-06본문
국고보조금이나 국가연구개발비의 정산 및 실태조사 이후 통지되는 교부 결정 취소, 반환·환수 명령, 제재부가금 부과 및 참여제한 처분에 대응하는 법적 절차를 안내합니다. 사전통지 의견제출과 재검토 요청부터 이의신청, 행정심판, 행정소송 및 집행정지(처분의 효력이나 집행을 임시로 멈추는 법원 결정) 신청까지 처분 사유와 산정 범위의 위법·부당함을 단계별로 검토하여 다투게 됩니다.
이 글에서 알 수 있는 것
다루는 주제
국고보조금 교부 결정 취소와 제재부가금 부과·국가연구개발사업 제재처분과 연구개발비 환수·보조사업 수행 배제 및 연구개발 참여제한의 연쇄 효력·처분 효력 정지를 위한 집행정지와 강제징수 방어·환수·제재부가금 산정 범위
국고보조금 교부 결정 취소와 제재부가금 부과·국가연구개발사업 제재처분과 연구개발비 환수·보조사업 수행 배제 및 연구개발 참여제한의 연쇄 효력·처분 효력 정지를 위한 집행정지와 강제징수 방어·환수·제재부가금 산정 범위
글의 구성
영역별 쟁점과 법적 기준
먼저 확인할 것
자주 묻는 질문
영역별 쟁점과 법적 기준
먼저 확인할 것
자주 묻는 질문
이 글이 다루는 쟁점
1. 국고보조금 교부 결정 취소와 제재부가금 부과
정산 검사나 부정행위 조사 이후 보조금 반환 명령과 함께 거액의 제재부가금 통지를 마주한 상황입니다.
• 국고보조금 사업에서 중앙관서의 장은 보조사업자가 보조금을 다른 용도에 사용하거나, 법령·교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 처분을 위반한 경우 교부 결정을 취소할 수 있습니다. 거짓 신청이나 그 밖의 부정한 방법으로 보조금을 교부받은 경우에도 보조금 교부 결정의 전부 또는 일부를 취소할 수 있습니다.
• 교부 결정을 취소한 경우 중앙관서의 장은 취소된 부분에 해당하는 보조금과 이로 인하여 발생한 이자를 함께 반환하도록 명하여야 합니다.
• 국고보조금 반환 명령이 내려지는 경우 중앙관서의 장은 반환하여야 할 보조금 또는 간접보조금 총액의 5배 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 제재부가금을 부과·징수(세금이나 부담금 등을 거두어들임)하여야 합니다.
근거 법령 · 보조금 관리에 관한 법률 제30조 제1항, 제31조 제1항, 제33조의2 제1항
2. 국가연구개발사업 제재처분과 연구개발비 환수
연구과제 평가나 감사 과정에서 연구개발비 사용기준 위반 등이 지적되어 연구비 환수와 참여제한이 예고된 상황입니다.
• 중앙행정기관의 장은 국가연구개발과제의 수행과정과 결과가 극히 불량하거나 협약에 따른 의무를 고의로 이행(약속이나 의무를 실제로 실행함)하지 아니하여 과제가 변경·중단된 경우 제재처분을 할 수 있습니다. 연구개발자료나 성과의 위조·변조·표절 등 부정행위를 하거나 정당한 사유 없이 과제 수행을 포기한 경우, 또는 정부납부기술료나 연구개발비 회수 금액을 납부하지 아니한 경우에도 제재처분을 할 수 있습니다.
• 제재 대상은 해당 연구개발기관, 연구책임자, 연구자, 연구지원인력 또는 연구개발기관 소속 임직원이며, 중앙행정기관의 장은 10년 이내의 범위에서 국가연구개발활동(연구지원은 제외)에 대한 참여를 제한하거나 이미 지급한 정부 연구개발비의 5배의 범위에서 제재부가금을 부과할 수 있습니다.
• 참여제한 처분이나 제재부가금 부과처분은 병과할 수 있고(같은 조 제2항), 이와 별도로 제재사유와 관련된 연구개발과제 연구개발비 중 정부 연구개발비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있습니다(같은 조 제3항).
근거 법령 · 국가연구개발혁신법 제31조 제1항, 제32조 제1항·제2항·제3항
3. 보조사업 수행 배제 및 연구개발 참여제한의 연쇄 효력
한 부처의 처분으로 인해 진행 중인 타 부처 과제 협약이 해지되거나 신규 사업 신청 자격이 박탈될 위험에 처한 상황입니다.
• 중앙관서의 장이 보조금 관리에 관한 법률 제31조의2 제1항부터 제3항까지에 따라 보조사업자등 또는 부정수급 관여 계약업체등에 대하여 보조사업 수행 배제 또는 보조금등 수급 제한 처분을 한 경우에는 그 사실을 즉시 기획재정부장관 및 다른 중앙관서의 장에게 통보하여야 하며, 통보를 받은 다른 중앙관서의 장은 해당자를 정해진 기간 동안 소관 보조사업의 수행 대상에서 배제하거나 보조금등의 수급을 제한하여야 합니다.
근거 법령 · 보조금 관리에 관한 법률 제31조의2 제4항, 국가연구개발혁신법 제10조 제1항 제4호, 제34조 제1항
4. 처분 효력 정지를 위한 집행정지와 강제징수 방어
본안 절차가 끝날 때까지 당장 과제 중단과 체납처분으로 인한 자금 경색을 막아야 하는 상황입니다.
• 행정심판이나 취소소송(행정청의 위법한 처분을 취소해 달라고 구하는 행정소송)을 제기하더라도 처분의 효력이나 그 집행 또는 절차의 속행(절차를 멈추지 않고 계속 진행함)에는 영향을 주지 않습니다.
• 국가연구개발사업의 제재부가금 또는 연구개발비 환수 처분을 받은 자가 납부기한까지 내지 아니하면 기한을 정하여 독촉합니다. 지정된 기한까지도 납부하지 아니하면 국세 체납처분의 예에 따라 강제로 징수합니다.
근거 법령 · 행정심판법 제30조 제1항·제2항, 행정소송법 제23조 제1항·제2항, 국가연구개발혁신법 제34조 제2항
5. 환수·제재부가금 산정 범위와 재량권 일탈·남용
적법하게 집행된 인건비나 재료비까지 포함되어 전액 환수 명령과 과다한 제재부가금이 통지된 상황입니다.
• 「국가연구개발혁신법」 제32조 제3항과 같은 법 시행령 제59조 제3항도 제재사유와 관련된 연구개발과제 연구개발비 중 정부 연구개발비의 전부 또는 일부, 구체적으로는 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원연구개발비 금액만큼 환수할 수 있다고 정하고 있습니다.
• 중앙행정기관의 장은 국가연구개발 제재처분을 하거나 연구개발비를 환수할 때 제재사유의 중대성, 위반행위의 고의 유무, 위반 횟수, 연구개발과제의 수행 단계 및 진행 정도 등을 고려하여야 합니다.
• 행정청의 재량(법률 범위 안에서 행정청이 스스로 판단하여 결정할 수 있는 재량권)에 속하는 처분이라도 그 한계를 넘거나 남용이 있는 때에는 법원이 이를 취소할 수 있습니다.
근거 법령 · 국가연구개발혁신법 제32조 제3항·제4항, 같은 법 시행령 제59조 제3항, 행정소송법 제27조
6. 이중 제재 조정과 제재처분 제척기간
국고보조금 부정수급 형사사건에서 벌금이나 추징(범죄로 얻은 이익을 국가가 대신 몰수하여 거두어들이는 처분)을 선고받았거나 과제가 종료된 지 오랜 시일이 지난 후 제재처분이 통지된 상황입니다.
• 중앙관서의 장은 부과하기 전 또는 부과한 후에 보조사업자등이 보조금이나 간접보조금의 부정한 수급 등을 이유로 이 법 또는 다른 법률에 따라 벌금·과료, 몰수·추징, 과징금 또는 과태료를 부과받은 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제재부가금을 면제·삭감 또는 변경·취소할 수 있습니다.
• 국가연구개발사업의 제재처분은 제재사유가 발생한 연구개발과제 또는 국가연구개발활동의 종료일부터 10년이 지나면 할 수 없습니다.
근거 법령 · 보조금 관리에 관한 법률 제33조의2 제1항 단서, 국가연구개발혁신법 제32조 제5항
먼저 확인할 것
☑ 수령한 통지서의 법적 근거가 국고보조금(중앙관서), 지방보조금(지방자치단체), 국가연구개발사업(중앙행정기관·관련 기관) 중 어디에 해당하는지 확인
☑ 국가연구개발 제재 사전통지 수령일로부터 20일 이내 재검토 요청 마감일 확인
☑ 보조금 처분 사전통지서상 의견제출 기한 및 명단 공표 전 소명(법적 의무나 처분 사유에 대해 사실관계를 밝혀 증명함) 기한 확인
☑ 국고보조금 처분 후 30일(지방보조금 20일) 이내 서면 이의신청 기한 확인
☑ 처분이 있음을 안 날부터 90일 또는 이의신청 결과 통지일부터 90일 제소 기한 확인
☑ 타 부처 통보 및 통합정보시스템 등록으로 인한 신규·계속 과제 배제를 막기 위한 집행정지 신청 시점과 긴급한 손해 소명 자료 준비
☑ 목적에 맞게 정상 집행된 사업비·연구비까지 취소·환수 대상에 묶였는지 및 제재부가금 부과율 5배 이내 기준 부합 여부 검토
☑ 벌금·추징·과징금·과태료 부과에 따른 감면 사유 유무 및 연구개발 과제 종료 후 10년 경과 여부 확인
자주 묻는 질문
Q. 국가연구개발사업 제재처분 사전통지서를 받았는데 재검토 요청은 어떤 절차로 진행되나요?
제재처분평가단의 검토 결과를 고려한 사전통지서를 수령하였다면, 그 통지를 받은 날부터 20일 이내에 사유를 갖추어 소관 중앙행정기관의 장에게 통지내용의 재검토를 요청하는 의견을 제출할 수 있습니다. 재검토 의견이 접수되면 원칙적으로 과학기술정보통신부장관 소속 연구자권익보호위원회가 의견의 적절성을 검토하며, 요청한 자가 소관 중앙행정기관의 장의 재검토를 희망하는 경우에는 해당 중앙행정기관의 장이 재검토를 실시합니다. 소관 중앙행정기관의 장은 의견을 받은 날부터 30일 이내에 제재처분의 종류와 수준을 결정하여 통보해야 하므로(같은 법 제33조 제5항·제6항), 20일 기한 안에 지출 증빙이나 연구노트 등 반박 자료를 갖추어 제출하는 것이 중요합니다.
Q. 보조금이나 연구개발비 중 일부 항목만 용도 외로 사용되었는데 사업비 전액을 환수하고 5배의 제재부가금을 부과할 수 있나요?
보조금 관리에 관한 법률 제30조 제1항과 제33조 제1항은 위반 사유가 있을 때 교부 결정이나 지급액의 전부 또는 일부를 취소하거나 반환하도록 명할 수 있다고 규정합니다. 국가연구개발혁신법 제32조 제3항과 같은 법 시행령 제59조 제3항은 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원연구개발비 금액만큼 환수할 수 있다고 정하고 있습니다. 적법하게 집행·검수된 부분까지 구분하지 않고 전액을 취소·환수하거나 과도한 부가금을 산정하였다면 재량권 일탈·남용으로 처분 취소나 감경을 구할 수 있는 사유가 될 수 있습니다.
Q. 보조금 반환 명령에 대해 소관 부처에 이의신청을 하면 행정심판이나 행정소송 제기 기한은 어떻게 계산하나요?
국고보조금 처분에 대해서는 통지 또는 처분을 받은 날부터 30일 이내(지방보조금은 20일 이내)에 서면으로 해당 중앙관서의 장(또는 지방자치단체의 장)에게 이의신청을 할 수 있습니다. 이의신청과 관계없이 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 행정심판이나 행정소송을 제기할 수 있습니다. 이의신청에 대한 결과를 통지받은 뒤 다투려면 그 결과를 통지받은 날(통지기간 내에 결과 통지가 없는 경우에는 통지기간이 만료되는 날의 다음 날)부터 90일 이내에 행정심판 또는 행정소송을 제기할 수 있으며, 다른 법률에서 이의신청 절차를 정하고 있는 경우에도 그 법률이 규정하지 않은 사항에 대해서는 행정기본법 제36조가 보충적으로 적용됩니다.
Q. 참여제한이나 보조사업 수행 배제 처분에 불복해 소송을 제기하면 재판 기간에는 다른 정부 과제에 지원할 수 있나요?
행정심판이나 행정소송을 제기하더라도 처분의 효력이나 집행은 저절로 정지되지 않습니다. 국고보조사업 수행 배제나 수급 제한은 다른 중앙관서의 장에게 즉시 통보되어 타 부처 보조사업에서도 배제되고, 국가연구개발 참여제한은 통합정보시스템에 등록되어 관계 중앙행정기관의 모든 국가연구개발활동(연구지원 제외) 참여가 제한됩니다. 따라서 본안 심리 기간 동안 신규 과제 공모에 지원하거나 수행 중인 계속 과제를 유지하려면, 본안 청구와 함께 행정심판위원회나 법원에 집행정지를 신청하여 인용 결정을 받아야 합니다.
Q. 동일한 보조금 부정수급 사안으로 형사재판에서 벌금이나 추징 선고를 받았는데 제재부가금도 그대로 납부해야 하나요?
중앙관서의 장은 제재부가금을 부과하기 전 또는 부과한 후에 보조사업자, 간접보조사업자 또는 보조금수령자가 보조금이나 간접보조금의 부정한 수급 등을 이유로 이 법 또는 다른 법률에 따라 벌금·과료, 몰수·추징, 과징금 또는 과태료를 부과받은 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제재부가금을 면제·삭감 또는 변경·취소할 수 있습니다. 관련 형사재판이나 과태료 절차에서 이미 금전적 제재가 부과되었다면 판결문이나 처분서를 제출하여 제재부가금의 감면이나 변경·취소를 요청할 수 있습니다.
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